Theo Kết luận thanh tra số 1993/KL-TTr, cơ quan thanh tra đã kiểm tra việc chấp hành quy định pháp luật trong hoạt động kinh doanh dược phẩm, vật tư y tế và thực phẩm chức năng tại doanh nghiệp này.
Bên cạnh những kết quả đạt được, kết luận cho thấy Mạnh Tý - Việt Mỹ vẫn còn một số vi phạm, thiếu sót liên quan đến hoạt động kinh doanh cũng như việc thực hiện nghĩa vụ thuế.
Đáng chú ý, việc tổ chức khám sức khỏe hàng năm cho người lao động tại công ty chưa được thực hiện đầy đủ theo quy định của Luật An toàn, vệ sinh lao động.
Một con số khác cũng được cơ quan thanh tra đề cập là 17/57 người chịu trách nhiệm chuyên môn về dược chưa có giấy xác nhận hoàn thành chương trình đào tạo, cập nhật kiến thức chuyên môn trong thời hạn 3 năm kể từ ngày được cấp Chứng chỉ hành nghề dược hoặc lần cập nhật gần nhất. Nội dung này được xác định chưa đúng quy định của Luật Dược.
Không chỉ có những thiếu sót liên quan đến chuyên môn, vấn đề thuế tại doanh nghiệp cũng được Thanh tra thành phố Huế chỉ ra.
Cụ thể, Mạnh Tý - Việt Mỹ đã kê khai không đúng một số khoản chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Việc điều chỉnh các khoản này làm tăng tổng lợi nhuận trước thuế, qua đó khiến số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tăng thêm 485,515 triệu đồng.
Sau thanh tra, Công ty CP Thương mại Dược phẩm Mạnh Tý - Việt Mỹ được yêu cầu nghiêm túc khắc phục và rút kinh nghiệm đối với các vi phạm, thiếu sót được chỉ ra; đồng thời phải nộp vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 485 triệu đồng nói trên.
Thanh tra thành phố Huế cũng kiến nghị tăng cường kiểm tra Chứng chỉ hành nghề dược, đặc biệt việc cập nhật kiến thức chuyên môn định kỳ 3 năm đối với người chịu trách nhiệm chuyên môn, nhằm kịp thời chấn chỉnh các trường hợp chưa thực hiện đúng quy định.
Mạnh Tý - Việt Mỹ hoạt động từ năm 2000, hiện có vốn điều lệ 40 tỷ đồng, trụ sở tại phường Hương An, thành phố Huế. Hoạt động chính của doanh nghiệp là bán buôn, bán lẻ dược phẩm, vật tư y tế và thực phẩm chức năng.
