Theo kết luận thanh tra giai đoạn 2022–2024, doanh nghiệp này dù đã thực hiện chế độ sổ sách kế toán theo quy định, nhưng vẫn phát sinh nhiều điểm chưa phù hợp trong việc xác định chi phí hợp lý và kê khai thuế.
Cụ thể, năm 2022, công ty ghi nhận chi phí nhiên liệu vượt mức cho phép với giá trị hơn 110 triệu đồng. Khoản này không đáp ứng điều kiện tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế, đồng thời phần thuế giá trị gia tăng đầu vào liên quan cũng không đủ điều kiện khấu trừ.
Đến năm 2023, doanh nghiệp tiếp tục kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các khoản chi không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, đáng chú ý là chi phí xây dựng một xưởng gỗ trong khi không phát sinh hoạt động trong lĩnh vực này. Số thuế khấu trừ sai quy định vượt 80 triệu đồng.
Ngoài ra, trong suốt ba năm, công ty còn thực hiện phân bổ chi phí đối với một số thiết bị như máy nén khí và hạng mục nâng cấp máy xúc chưa đúng hướng dẫn, với tổng giá trị hơn 176 triệu đồng, làm sai lệch nghĩa vụ thuế phải thực hiện.
Một vấn đề đáng chú ý khác là việc sử dụng hóa đơn đầu vào. Qua kiểm tra, hai hóa đơn với tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ gần 353 triệu đồng được xuất bởi Công ty TNHH Kinh doanh tổng hợp Hoàng Hiệp và Công ty TNHH Vật liệu xây dựng Đại Lâm đã bị loại khỏi chi phí tính thuế. Nguyên nhân do các đơn vị này tại thời điểm tra cứu có dấu hiệu ngừng hoạt động hoặc không còn hiện diện tại địa chỉ đăng ký, tiềm ẩn rủi ro pháp lý về hóa đơn.
Dù phía doanh nghiệp khẳng định các giao dịch là có thật, cơ quan thanh tra vẫn loại bỏ toàn bộ giá trị liên quan nhằm đảm bảo tuân thủ quy định và hạn chế rủi ro trong quản lý thuế.
Tổng hợp các sai sót, số chi phí không được chấp nhận khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp lên tới hơn 639 triệu đồng. Qua đó, số thuế bị điều chỉnh tăng thêm hơn 251 triệu đồng, bao gồm cả thuế GTGT và thuế thu nhập doanh nghiệp.
Cơ quan thanh tra yêu cầu doanh nghiệp khẩn trương khắc phục các tồn tại, điều chỉnh lại hệ thống kế toán và tuân thủ nghiêm các quy định pháp luật liên quan. Đồng thời, hồ sơ cũng được chuyển cơ quan thuế để xem xét xử lý theo quy định đối với hành vi kê khai chưa chính xác.
Trách nhiệm đối với các sai phạm được xác định thuộc về lãnh đạo doanh nghiệp, bộ phận kế toán và các cá nhân liên quan trong suốt thời kỳ thanh tra.
