Theo báo cáo của Sở Giao thông Vận tải TP.HCM, tình hình triển khai dự án cao tốc TP.HCM - Mộc Bài phát sinh thêm nhiều chi phí, chủ yếu là chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng. Phần chi phí này được ước tính trước đó là khoảng 5.100 tỷ đồng, nhưng hiện tại tăng lên trên mức 7.400 tỷ đồng. Trong đó, phần đền bù giải toả ở TP.HCM chiếm hơn 5.900 tỷ đồng, còn lại 1.500 tỷ đồng dành cho giải phóng mặt bằng địa bàn Tây Ninh.
Do đó, sở đã điều chỉnh tổng mức đầu tư trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án lên mức 15.900 tỷ đồng. Mức này tăng 2.286 tỷ đồng so với tổng vốn dự tính mới đây (13.614 tỷ đồng) và gần 5.200 tỷ đồng so với lần công bố hồi năm 2019 (10.700 tỷ đồng).
Dự kiến, Sở Giao thông Vận tải và các đơn vị liên quan sẽ trình Hội đồng nhân dân thành phố thông qua chủ trương đầu tư tuyến cao tốc này trong kỳ họp gần nhất (tháng 7/2021).
Cao tốc TP.HCM - Mộc Bài dài hơn 53km, với điểm đầu giao Vành đai 3 ở huyện Củ Chi (TP.HCM) và điểm cuối tại Khu Kinh tế Mộc Bài (Tây Ninh). Dự án được đầu tư theo phương thức đối tác công tư (PPP), hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao (BOT). Giai đoạn một, cao tốc có 4 làn xe, dự kiến xong trong năm 2025, thu phí hoàn vốn trong 23 năm 8 tháng (không bao gồm phần vốn nhà nước hỗ trợ dự án).
Trước đó, UBND TP.HCM từng có văn bản kiến nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư báo cáo Thủ tướng bố trí bổ sung vốn ngân sách trung ương giai đoạn 2021 - 2025 cho dự án cao tốc này. Trong buổi làm việc với Thủ tướng Chính phủ mới đây, đại diện lãnh đạo TP.HCM cũng trình bày những vướng mắc, phát sinh và đề nghị Chính phủ hỗ trợ.