Theo quyết định của cơ quan thuế, Sotrans bị xác định có nhiều hành vi vi phạm trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế. Cụ thể, doanh nghiệp đã kê khai không chính xác thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp vào ngân sách nhà nước. Ngoài ra, công ty còn sử dụng hóa đơn không hợp pháp để kê khai thuế, làm giảm nghĩa vụ thuế phải thực hiện.
Việc xử phạt được áp dụng căn cứ theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP của Chính phủ, quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hóa đơn.
Theo đó, Công ty Cổ phần Kho vận Miền Nam bị xử phạt hành chính với tổng số tiền gần 530 triệu đồng. Trong số này, khoản phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế GTGT và TNDN phải nộp lên tới hơn 525 triệu đồng. Bên cạnh đó, doanh nghiệp còn bị phạt gấp 1,5 lần đối với hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp để kê khai thuế, làm giảm số thuế GTGT và TNDN phải nộp trong năm 2023, với mức phạt gần 4,5 triệu đồng.
Không chỉ dừng lại ở tiền phạt, Sotrans còn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả, buộc phải nộp bổ sung hơn 2,6 tỷ đồng tiền thuế bị thiếu và tiền trốn thuế vào ngân sách nhà nước.
Cùng với khoản truy thu, công ty còn phải nộp thêm hơn 650 triệu đồng tiền chậm nộp thuế. Khoản tiền chậm nộp này được tính đến hết ngày 19/12/2025. Sau thời điểm này, doanh nghiệp có trách nhiệm tiếp tục tự tính và nộp phần tiền chậm nộp phát sinh theo quy định, cho đến khi hoàn tất toàn bộ nghĩa vụ tài chính liên quan.
Tổng hợp các khoản tiền phạt, tiền truy thu và tiền chậm nộp, số tiền mà Công ty Cổ phần Kho vận Miền Nam phải nộp vào ngân sách nhà nước lên tới hơn 3,8 tỷ đồng.
Theo quy định, trong vòng 10 ngày kể từ ngày nhận được quyết định xử phạt, doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nêu trên. Trường hợp không chấp hành đúng thời hạn, cơ quan chức năng sẽ áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành theo quy định của pháp luật.
Đáng chú ý, đây không phải lần đầu Sotrans vướng vi phạm về thuế. Trước đó, vào năm 2021, công ty này cũng từng bị Tổng cục Thuế xử phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp sau thanh tra, với tổng số tiền lên tới 4,96 tỷ đồng.
